Insieme alle due missioni fondamentali della formazione (prima missione, che si basa sulla interazione con gli studenti) e della ricerca scientifica (seconda missione, in interazione prevalentemente con le comunità scientifiche o dei pari), la Scuola IMT persegue i suoi obiettivi nell'ambito della Terza Missione, attraverso specifiche attività culturali e professionali volte a consolidare il ruolo che la Scuola riveste di diffusore della conoscenza e di attore culturale in una rete di collaborazioni tra mondo accademico, società civile e mondo imprenditoriale.
La Scuola ha sviluppato negli anni convenzioni e accordi con numerose istituzioni italiane e internazionali, sia in ambito formativo che di ricerca. Inoltre, la Scuola favorisce la valorizzazione economica della conoscenza attraverso la costituzione di Spin off, la gestione della proprietà intellettuale e l’organizzazione di eventi mirati al trasferimento tecnologico.
La Scuola IMT rientra tra gli atenei e gli organismi di ricerca pubblici in Toscana che rappresentano, nel quadro nazionale, punti di riferimento e di eccellenza nel settore della ricerca scientifica e tecnologica. Di fatto, la Regione Toscana supporta gli atenei e gli enti pubblici di ricerca regionali nel rafforzamento delle capacità di trasferire i risultati della ricerca verso il mercato attraverso il potenziamento delle attività di trasferimento tecnologico nel territorio regionale.